83-årige Fujimori avtjänar ett 25-årigt fängelsestraff för att bland annat ha beordrat massakrer och för korruption, men landets konstitutionsdomstol beslutade på torsdagen att den benådan expresidenten fick redan 2017 ska verkställas.
Fujimori dömdes 2009 men benådades 2017 av dåvarande presidenten Pedro Pablo Kuczynski – en order högsta domstolen året efter körde över, varpå Fujimori åter fördes till fängelse.
Alberto Fujimori styrde Peru från 1990 till 2000, när hans säkerhetschef avslöjades för korruption och presidenten flydde landet. Hans dotter Keiko Fujimori ställde i fjol upp i presidentvalet, men förlorade mot Pedro Castillo.
Torsdagens beslut kan inte överklagas och Fujimori beräknas lämna fängelset inom några dagar.