85-årige Fujimori avtjänar ett 25-årigt fängelsestraff för brott mot mänskligheten som begåtts under hans tid vid makten.
Enligt ett domstolsbeslut som nyhetsbyrån AFP tagit del av rör det sig om en "omedelbar" frigivning av Fujimori som var Perus president mellan 1990 och 2000.
Expresidenten dömdes 2009 för bland annat ha beordrat massakrer under sin tid vid makten. Fujimori har också anklagats för korruption.
Redan för några år sedan ville författningsdomstolen benåda Alberto Fujimori, men den domen återkallades av Högsta domstolen 2019.
Även förra året beordrade författningsdomstolen att han skulle släppas av humanitära skäl, men den interamerikanska domstolen för mänskliga rättigheter uppmanade Peru att inte befria honom, och Lima gick då med på det.
Men tisdagens dom kan inte överklagas.