Han gjorde det i handbojor, ledsagad av polis.
Från flygplatsen i huvudstaden Lima fördes han till ett fängelse där han ska hållas häktad i väntan på rättegång.
77-årige Toledo står inför korruptionsanklagelser och åklagarna hävdar att han under sitt presidentskap 2001–06 tagit emot miljontals dollar för att ge fördelar åt den brasilianska byggjätten Odebrecht.
Toledo är en av fem tidigare presidenter i landet som just nu utreds för korruption. En sjätte tog sitt liv när han åtalades och ytterligare en, Alberto Fujimori, har dömts för bland annat korruption. Han sitter nu i samma fängelse dit Toledo nu förts.