En del grunda sjöar har torkat ut till pölar, och enligt lokala medier har hundratals crior, som alpackans ungar kallas, dött. De torra förhållandena har gjort att sättandet av potatis försenats, vilket gjort att matbrist befaras de kommande månaderna.
Perus regering utlyste på lördagen nödläge i 60 dagar i 100 distrikt till följd av de hotande farorna på grund av vattenbristen.
Torkan, den värsta på minst 50 år, har förvärrats av väderfenomenet La Niña.
– Djuren är redan underviktiga, och det finns inget bete, säger alpackaexperten Carlos Pacheco.
Vintern 2015 dog 170 000 alpackor till följd av kyla och torka i Peru.