Enligt instruktionerna är abort tillåtet om en kvinnas hälsa eller liv är i fara.
Riktlinjerna kommer efter stora protester sedan en 30-årig kvinna avlidit i september.
Kvinnan var gravid i 22:a veckan när hon blev svårt sjuk. Läkarna på sjukhuset vill först inte genomföra en abort trots att fostret saknade tillräckligt med fostervatten för att överleva, enligt kvinnans familj och en advokat.
Läkarna är nu avstängda och åklagare har inlett en utredning.
I helgen hölls demonstrationer runt om i Polen mot landets stränga abortlagstiftning.