Anklagelsen framförs i den ultrakonservativa publikationen GPC där partiledaren – och landets biträdande premiärminister – säger att vissa länder "inte är entusiastiska över en framtidsutsikt där Tyskland bygger ett Fjärde rike med EU som bas".
"Om vi polacker går med på den här sortens moderna underkastelse så kan vi degraderas på fler sätt", säger Kaczynski till tidningen och tillägger att han anser att EU-domstolen utnyttjas som ett "redskap" för federalistiska idéer.
Användningen av begreppet Fjärde riket är en anspelning på Nazitysklands så kallade Tredje rike mellan1933 och 1945.
Polen har länge haft motsättningar med EU (där Polen är medlemsland), särskilt när det gäller lagar och förslag som PIS drivit på sedan 2015 inom det rättsliga området.
Den senaste konflikten rör att EU nyligen förklarade att rättsliga åtgärder kommer att vidtas mot Polen eftersom landet "ignorerar EU-lagar och underminerar det rättsliga oberoendet".
Polen har å sin sida anklagat EU för "byråkratisk centralism".
Polens premiärminister Mateusz Morawiecki, som också han tillhör PIS, sade tidigare denna månad att Tysklands stöd för "EU:s federalism var utopiskt och därför farligt".