86-åringen ska enligt källorna genomgå någon form av tester, oklart av vilken anledning.
Abbas lämnade sitt residens i Ramallah med helikopter för att flyga till Jordanien, varifrån han ska fortsätta till Tyskland. Presidenten väntas åter på torsdag.
Den 22 maj går palestinierna till val för första gången på 15 år.