Människorättsorganisationen Amnesty förklarar sitt beslut med att han tidigare har gjort uttalanden som "försvarar hat".
Enligt organisationen, med högkvarter i London, har Navalnyj inte dragit tillbaka uttalanden om till exempel migranter i Ryssland.
"Några av dessa uttalanden, som Navalnyj inte officiellt inte har tagit tillbaka, når gränsen för försvar av hat — och det stämmer inte överens med Amnestys definition av samvetsfånge", skriver organisationen, enligt AFP.
Vissa av uttalandena gjordes för 15 år sedan, skriver brittiska BBC, där Navalnyjs liknade migranter i Ryssland vid kackerlackor.
Amnesty uppger samtidigt att man fortsätter att arbeta för Navalnyjs frigivning i Ryssland.
"Navalnyj har inte, så vitt vi vet, gjort liknande uttalande de senaste åren, och detta beslut ändrar inte vår vilja att kämpa för hans omedelbara frigivning", skriver organisationen i sitt beslut.
En representant för organisationen i Ryssland säger dock till BBC att han tror att beslutet beror på en "samordnad kampanj" att försöka smutskasta Navalnyj, och därmed minska tyngden i Amnestys krav på Navalnyjs frigivning.