Området är det första av tre i och omkring den omstridda regionen Nagorno-Karabach att lämnas tillbaka inom ramen för ett nyligen undertecknat avtal om vapenvila.
Aghdam har hållits av armeniska separatister i nästan 30 år, men återgår nu till azerisk kontroll.
Förra veckan undertecknade ärkefienderna Armenien och Azerbajdzjan, båda tidigare Sovjetrepubliker, ett avtal för att få stopp på striderna som rasat sedan slutet av september.
Överenskommelsen, vars juridiska status är något oklar, har hyllats av azerer. Många armenier, å sin sida, anklagar premiärminister Nikol Pasjinian för ett närmast förrädiskt svek, och i helgen avvärjdes en plan att mörda honom och iscensätta en statskupp.
För att övervaka den bräckliga freden skickar Ryssland omkring 2 000 soldater till regionen.