Den tidigare hälsoministern Eduardo Pazuello sade några timmar tidigare vid en presskonferens att presidenten skulle ersätta honom på grund av "omorganisation" i departementet, utan att i detalj gå in på orsaken till detta.
Queiroga kommer att tillträda inom en till två veckor säger Bolsonaro.
– Han har enligt min mening allt för att kunna göra ett bra jobb, vilket ger kontinuitet i vad Pazuello har gjort fram till i dag.
– Från och med nu går vi in i en mer aggressiv fas när det gäller kampen mot viruset, fortsätter Bolsonaro.
Queiroga tillträder då Brasilien noterar en ny topp av virussmittade och avlidna, med i genomsnitt över 1 800 dödsfall per dag. Över hälften av landets 27 delstaters sjukvårdssystem står vid randen av kollaps.
Totalt har nära 280 000 covidrelaterade dödsfall har registrerats i Brasilien under pandemin, landet har omkring 212 miljoner invånare.
Pazuellos två ministerföregångare hamnade i onåd hos Bolsonareo då de ifrågasatt bristen på vetenskaplig grund bakom presidentens coronastrategi.
Men Pazuello, en armégeneral utan tidigare medicinsk erfarenhet, hade en mer militär inställning till sitt jobb och sade i oktober: "Det är så här enkelt: en befaller och de andra lyder."
Det faktum att Queiroga är läkare garanterar honom inte framgång, men kan hjälpa honom att skapa förtroende hos befolkningen.