"I politik måste svåra beslut fattas för att lösa svåra situationer. Därför har jag nu beslutat mig för att lämna premiärministerposten på grund av det uppkomna läget", skriver han enligt estniska medier.
Den utlösande faktorn är en korruptionshärva, där kända namn inom Ratas parti Centern deltagit, när tiotals miljoner euro avsedda för pandemistöd kommit på avvägar.
Ratas har sedan valet våren 2019 lett en bångstyrig koalition bestående av Centerpartiet plus Fäderneslandet (Isamaa) samt populistiska Ekre.
Det sistnämnda partiet har gett Ratas mycket huvudvärk, i oktober 2020 gjorde till exempel Ekre-ministern Mart Helme utspelet att homosexuella estländare kan "sticka till Sverige".