I sanktionerna ingår reseförbud och frysning av tillgångar. Det är första gången sedan 2013 som EU inför sanktioner mot Iran för brott mot mänskliga rättigheter.
En av de högst uppsatta personerna är chefen för det iranska revolutionsgardet, Hossein Salami. Ledare för den hårdföra frivilligmilisen Basij ingår i sanktionsbeslutet.
"Basij-organisationen använde dödligt våld för att slå ned protesterna . . . vilket ledde till att obeväpnade demonstranter och civila i flera städer runtom Iran dödades eller skadades", skriver EU.
Iran svarar med att avbryta samarbetet med EU på flera områden såsom kamp mot knarksmuggling, terrorism och i flyktingfrågor. Det iranska utrikesdepartementets talesperson "fördömer" sanktionerna.