Finland kommer dock allt närmare på andraplatsen, visar årets index, som presenterades på tisdagen.
"Årets resultattavla visar att EU redan är ett bra ställe för innovationer, men vi måste öka ansträngningarna ytterligare för att hitta globala lösningar för att hantera coronaviruset", konstaterar EU:s inremarknadskommissionär Thierry Breton i ett pressmeddelande.
Innovationsindexet räknas fram med hjälp av allt från antalet doktorsavhandlingar och tillgången till bredband till storleken på forskningsbudgetar och mängden nya produkter från små- och medelstora företag.
Sverige landar på 153,1 i indexet, mot 152,2 för Finland och 146,4 för tredjeplacerade Danmark. Sämst är innovationsläget i Rumänien med en indexsiffra på bara 34,4.