Det framgår av en FN-rapport om gripandet, och ses som en framgång i kampen mot den globala våldsbejakande jihadismen.
Enligt FN greps Khalid Batarfi, som varit Aqaps ledare i mindre än ett år, under en insats i staden Ghayda i oktober. Viceledaren Saad Atef al-Awlaqi dödades då.
Rapporten från ett FN-team specialiserat på extremistgrupper är den första bekräftelsen på det tidigare ryktet om att Batarfi gripits. Organisationen Site, som övervakar extremism på nätet, har tidigare rapporterat uppgifter om att Aqap-ledaren frihetsberövats av jemenitiska säkerhetsstyrkor och överlämnats till Saudiarabien.