Miguel Ángel Villarroya lämnar sin post för att inte riskera försvarsmaktens anseende, enligt ett pressmeddelande, där det också står att han "aldrig hade för avsikt att dra fördel av obefogade privilegier".
Villarroya var som ledare för den spanska försvarsstaben näst i hierarkin endast efter överbefälhavaren kung Felipe, premiärministern och försvarsministern.
Försvarsminister Margarita Robles har tidigare krävt en förklaring från den 63-årige toppgeneralen. Nu har hon godkänt hans avskedsansökan. I början av pandemin deltog Villarroya i myndigheternas dagliga pressträffar, där han berättade om militärens insatser.
De första vaccinsprutorna i Spanien reserverades för vårdanställda och äldre, men en kritikstorm har blåst upp sedan det framkommit att en rad offentliga personer som inte ingår i dessa grupper sett till att få en.