Varningen kommer sedan nya antifranska protester brutit ut i flera delar av Pakistan i veckan. I ett mejl som skickats till franska medborgare beskriver ambassaden hotet som allvarligt.
Protesterna har bubblat i månader sedan president Emmanuel Macrons regering uttryckt sitt stöd för satirtidningen Charlie Hebdos återpublicering av Muhammedkarikatyrer.
I onsdags meddelade det pakistanska inrikesdepartementet att man ska förbjuda det hårdföra islamistpartiet Tehreek-e-Labbaik (TLP), som har varit drivande i protesterna. Partiet har bland annat krävt att Frankrikes ambassadör ska utvisas och uppmanat till bojkott av franska varor.