Flera inlägg hann göras från kontot, med uppmaningar om att donera pengar i form av kryptovaluta, innan intrånget stoppades.
Det drabbade kontot är kopplat till Modis personliga hemsida och har drygt 2,5 miljoner följare.
"Vi håller på att utreda det inträffade. I nuläget har vi inte upptäckt några andra drabbade konton", skriver en talesperson för Twitter i ett uttalande.
I juli hackades en rad Twitterkonton, däribland den amerikanske expresidenten Barack Obamas och Tesla-vd:n Elon Musks, av bedragare som försökte få följare att sätta in pengar på ett bitcoinkonto. De kom åt kontona genom att lura några anställda att lämna ut sina personliga uppgifter, enligt Twitter.