Moskvadomstolens beslut i tisdags innebär att oppositionspolitikerns villkorliga straff för förskingring 2014 omvandlas till ovillkorligt – efter det att han anklagats för att inte ha anmält sig till sin övervakare.
44-åringen greps direkt när han återvände hem till Ryssland i januari, efter att ha vårdats i Tyskland sedan han enligt flera västlaboratorier förgiftats med det sovjetiska nervgiftet novitjok.
Navalnyj hävdar att president Putin beordrade förgiftningen, vilket Kreml förnekar.
"Skrämma miljoner"
Navalnyj framhåller att det var omöjligt för honom att träffa sin övervakare när han befann sig utomlands – i synnerhet under tiden som han låg i koma – men domaren hävdar att han missade möten även innan förgiftningen.
Regimkritikern dömdes till 3,5 års fängelse men anses ha avtjänat en del av det i husarrest och enligt hans advokat kommer han troligtvis att behöva sitta fängslad i två år och åtta månader.
– De sätter en person bakom galler för att skrämma miljontals, sade Navalnyj i rätten.
De senaste två helgerna har mängder av människor gått ut på gatorna runt om i Ryssland för att protestera mot gripandet av Navalnyj. Sammanlagt har polismakten gjort fler än 10 000 gripanden, enligt OVD-Infos sammanställning.
Personerna som förs bort hålls i timmar under "fruktansvärda och trånga förhållanden, utan mat och möjlighet att gå på toaletten", säger organisationens analytiker Grigoryj Durnovo till rysk radio, enligt nyhetsbyrån AFP.
Nya protester bröt ut i samband med tisdagens domstolsförhandling och tidigt på onsdagen hade över 1 400 personer gripits, framförallt i Moskva och S:t Petersburg, enligt OVD-Info. Många greps innan det att domslutet hade meddelats.
Journalist dömd till fängelse
I Moskva har kravallpolis filmats när de slår demonstranterna med batong. Enligt Kremls talesperson Dmitrij Peskov rättfärdigar "de olagliga protesterna" polisens bryska metoder, skriver nyhetsbyrån Reuters. Att Navalnyjs allierade manat till nya protester efter fängelsedomen kallar han en provokation.
Den ryske journalisten Sergej Smirnov, chefredaktör för den oberoende nyhetssajten Mediazona, twittrade på onsdagen att han dömts till 25 dagars fängelse för vad en domstol i Moskva beskrev som upprepade brott mot demonstrationslagstiftningen. Smirnov greps redan den 23 januari i samband med en stöddemonstration för Navalnyj.
EU och USA fördömer tisdagens dom och har krävt att oppositionspolitikern omedelbart släpps fri.