Påfrestningarna är stora i Frankrike efter en händelseutveckling som inleddes i början av september när satirtidningen återpublicerade tecknade karikatyrer av Muhammed.
Följden blev en attack utanför tidningens tidigare redaktionslokaler, mordet på en läraren Samuel Paty som visat Muhammedkarikatyrer under en lektion om yttrandefrihet och torsdagens knivdåd i Nice som krävde tre liv.
Macron drog på sig delar av den muslimska världens ilska för att efter lärarmordet gjort klart att Frankrike aldrig kommer att ge avkall på rätten att karikera. De ökade spänningarna har fått flera länder mana till bojkott av franska varor.
Framför allt från Turkiet har kritiken varit hård, även om det turkiska utrikesdepartementet har fördömt attacken i Nice och kondolerat.
Lång intervju
Nu har Macron gett en lång intervju till den Qatar-baserade nyhetskanalen al-Jazira och går att tolka som att han sträcker ut handen mot den muslimska sfären.
– Jag kan förstå att människor blir chockade av karikatyrerna men jag kommer aldrig att acceptera att våld rättfärdigas.
– Jag betraktar det som vår plikt att beskydda våra friheter och rättigheter, säger Macron enligt ett utdrag ur intervjun som publicerats i förväg.
I torsdags morse tog sig en 21-årig knivbeväpnad man in i kyrkan Notre Dame i centrala Nice. Angriparen knivskar flera personer, varav två kvinnor och en manlig kyrkvaktmästare dog, innan han sköts av polis. Han ligger på sjukhus med svåra skador.
Misstänkta kontakter
Polisen har inte kunnat höra 21-åringen och motivet för attacken är inte klarlagt. Han åkte från Tunisien till Europa förra månaden.
– Det är fortfarande för tidigt att säga om det finns medskyldiga, vilket motiv han hade för att komma till Frankrike och när den här idén slog rot i honom, säger en anonym poliskälla till nyhetsbyrån AFP.
Knivdådet är klassat som en islamistisk terrorattack.
I torsdags frihetsberövades och hördes en 47-årig man. Han är misstänkt för att ha haft kontakt med 21-åringen strax före attacken.
Franska medier rapporterar att en man i 30-årsåldern och boende i Nice också har tagits in till förhör. Även han misstänks för kontakt med gärningsmannen dagen före dådet.
– Vi försöker reda ut vad hans roll är i allt det här, säger poliskällan.