Japanen är den första utländska journalist som åtalas efter att juntan tog makten i en militärkupp den 1 februari och störtade den folkvalde ledaren Aung San Suu Kyi.
De senaste månaderna har Myanmar skakats av prodemokratiska protester och militärjuntans våldsamma nedslag mot dessa. Militärstyret har också gripit ett 50-tal journalister.
Japanen riskerar tre års fängelse, enligt en lag som kriminaliserar spridande av kommentarer som "orsakar rädsla eller sprider falska nyheter".