Informationsminister Lai Mohammed tillägger att beslutet gäller på "obestämd tid", men ger inga detaljer om hur det kommer att genomföras. På lördagsmorgonen rapporterades att Twitters hemsida var otillgänglig via vissa mobiloperatörer i landet.
Beskedet kommer två dagar efter det att Twitter raderat ett inlägg från president Muhammadu Buhari där han hotade att ta itu med regionala separatister på "det språk de förstår".
Nedsläckningen av Twitter väcker skarp kritik från människorättsorganisationer.
"Detta repressiva beslut är ett tydligt försök att censurera obekväma åsikter", twittrar Anietie Ewang, som bevakar Nigeria för Human Rights Watch.