Chakweras seger var ingen större skräll. Veckans val var ett nyval efter beskyllningar om valfusk när sittande Peter Mutharikas vann i fjolårets presidentval.
Med 59 procent av rösterna tog oppositionsledaren hem segern i valet.
– Det här är en seger för Malawi, det är en seger för demokratin, en seger för rättvisan. Det är en seger som kan få vårt land att starta om och börja bygga ett nytt sorts Malawi, där vi alla kan vara med, sade Chakwera i sitt segertal.
Peter Mutharika å sin sida hävdade på lördagen att det hade förekommit oegentligheter under röstningen, bland annat våld mot hans partis valövervakare. Hans parti DPP krävde på fredagen att även detta val skulle ogiltigförklaras och att ett tredje val skulle hållas, men så långt vill Mutharika själv inte gå utan manar till lugn inför valkommissionens besked.
På grund av coronapandemin fanns inga oberoende internationella valobservatörer på plats i Malawi.
Landets författningsdomstol slog i februari fast att valet i maj i fjol inte genomfördes på ett korrekt sätt och att ett nytt val skulle hållas. Malawi är den andra nationen i Afrika att underkänna ett val på grund av oegentligheter, rapporterar BBC. Första gången var i Kenya 2017. Att en opposition går och vinner i en andra valomgång ses som smått historiskt.