Tusentals hade gett sig ut på gatorna i Peru för att visa sitt missnöje mot Merino då polisen öppnade eld mot demonstranter i huvudstaden Lima.
En 25-årig man dog efter att ha skjutits i huvudet och ansiktet med ett hagelgevär. Över 60 demonstranter uppges också ha skadats.
Polisens agerande har fördömts av FN och människorättsorganisationen Amnesty International.
Kongressens talman uppmanade efter dödsskjutningarna interimspresidenten att avgå.
Merino efterträdde i måndags den populäre presidenten Martín Vizcarra, som avsattes på grund av korruptionsanklagelser, och blev därmed Perus tredje president på bara fyra år.