Beskedet är ändå ett bakslag för åklagarsidan eftersom domstolen avvisar de större korruptionsanklagelserna mot den nu 63-årige Socrates.
Nu ställs han i stället inför rätta för de "mildare" åtalspunkterna penningtvätt och urkundsförfalskning.
I samband med att beskedet levererades på fredagen skrädde domaren Ivo Rosa inte orden om åklagarsidans framställan om korruptionsåtalen.
Åklagarnas fall bygger på "argument som baseras på fantasier och spekulationer", konstaterade Ivo Rosa.
Vänsterpolitikern Socrates var premiärminister 2005–2011 och greps 2014 på flygplatsen i Lissabon misstänkt för korruption. Han tillbringade månader bakom lås och bom innan han sattes under husarrest.
Åklagarsidan hade anklagat José Socrates för ha tagit emot miljontals euro för egen vinning – under den tid han var premiärminister – från tre numera nedlagda företag.
Socrates nekar till alla anklagelser.