Men oppositionen bestrider resultatet. En talesperson för det ledande oppositionspartiet CNL kallar processen för en "fars" och säger att valresultatet ska överklagas.
CNL:s kandidat Agathon Rwasa fick drygt 24 procent av rösterna. Enligt partiets egna beräkningar skulle han ha haft omkring 57 procent.
Valdeltagandet i onsdagens val, då det även valdes ledamöter till parlamentet, var 87,7 procent.
Det fanns inga internationella observatörer på plats under valet som hölls mitt under coronapandemin.