Chad Wolf blir den tredje ministern att lämna president Donald Trumps regering sedan stormningen av Kapitolium förra veckan, efter transportministern och utbildningsministerns avgångar.
Wolfs departement ansvarar för säkerheten inför och under Joe Bidens presidentinstallation den 20 januari och avhoppet kommer samtidigt som oron för våldsamheter stiger. Väpnade protester planeras i samtliga 50 delstater inför ceremonin, enligt den federala polisen FBI.
Wolf har länge varit en av president Donald Trumps nära allierade, men efter stormningen av kongressen har han i skarpa ordalag fördömt Trumpanhängarnas agerande och har kallat angreppet tragiskt och sjukt.
"Även om jag konsekvent har fördömt politiskt våld från båda sidor, särskilt våld riktat mot poliser, ser vi nu att vissa anhängare av presidenten använder våld som ett sätt att uppnå politiska mål," säger Wolf.
Departementet för inrikes säkerhet kontrollerar flera federala brottsbekämpande organ, däribland säkerhetstjänsten Secret Service som ansvarar för presidentens säkerhet.
Så sent som förra veckan sade Wolf att han skulle stanna kvar som chef för departementet fram till mandatperiodens slut den 20 januari och det är oklart om den hastiga sortin har något att göra med hans kritik av Trumpanhängarnas agerande.