I dag regleras samarbetet mellan unionen och Schweiz av över 100 bilaterala avtal. Bryssel har velat slå samman dessa i ett ramavtal, men nu ser 13 år av samtal ut att braka samman.
"Det finns stora skillnader mellan Schweiz och EU i viktiga frågor", skriver den schweiziska regeringen i ett uttalande, vilket bland annat syftar på EU:s krav om fri rörlighet.
Från det schweiziska näringslivets sida finns en oro för kyligare relationer. Över hälften av landets export går till EU. Från politiskt håll försöker man dock dämpa farhågorna.
"Regeringen anser trots det att det är i Schweiz och EU:s gemensamma intresse att värna det väletablerade samarbetet och att systematiskt upprätthålla de avtal som redan finns", står att läsa i uttalandet.
EU-kommissionen har meddelat att den beklagar beslutet.