Relationen mellan de två Nato-länderna är frostig, och Ankara-regeringen kallar Pompeos resetema religionsfrihet för "helt irrelevant".
Så medan Pompeo träffar religiösa ledare i Istanbul säger sig president Recep Tayyip Erdogan och hans utrikesminister Mevlüt Çavusoglu vara upptagna på annat håll.
– Ett otroligt privilegium att vara här, sade den amerikanske ministern till Bartholomeus I, Konstantinopels ekumeniske patriark, i mångmiljonstaden.
– Det var en schemaläggningsfråga, förklarade en källa nära Pompeo varför han inte håller några politiska möten i Turkiet.
Utrikesministern är ute på en stor rundresa som även innefattar Frankrike, Georgien, Israel, Saudiarabien, Förenade Arabemiraten och Qatar.