Wine, som egentligen heter Robert Kyagulani, har mot sin vilja hållits kvar i sin bostad utanför huvudstaden Kampala sedan presidentvalet den 14 januari.
– Att fortsatt hålla den sökande instängd och under restriktioner på obestämd tid är lagstridigt. Hans rätt till frihet har blivit beskuren, säger domaren Michael Elubu, och konstaterar att restriktionerna ska lyftas.
Valet vanns officiellt av den sittande presidenten Yoweri Museveni, men Wine och hans anhängare bestrider siffrorna och hävdar att omfattande valfusk har förekommit.
Förra veckan försökte USA:s ambassadör i landet besöka Wine, men stoppades.
Ugandiska säkerhetsstyrkor har tidigare struntat i liknande domstolsutslag, alternativt gripit personer som släppts omedelbart igen.