Hävandet av avtalen följer på president Donald Trumps order i juli om att skrota den speciella status Hongkong åtnjutit enligt amerikanska lagar.
"Dessa åtgärder understryker vår djupa oro över Pekings beslut att införa den nationella säkerhetslagen, som har krossat friheterna för Hongkongs folk", säger Morgan Ortagus, talesperson för USA:s UD, i ett uttalande.
De hävda avtalen rör bland annat regler kring utlämning av dömda personer och skattelättnader på inkomster från internationell sjötrafik, enligt utrikesdepartementet.
Hongkongs Pekingvänliga styre beskriver beslutet som ett sätt för USA att skapa problem i relationen med Kina, genom att "använda Hongkong som en spelpjäs".