Beskedet på måndagen kom parallellt med att Sudans övergångsregering sade sig vara villig att kompensera offer och anhöriga för bombdåd mot amerikanska ambassader i Kenya och Tanzania 1998.
Sudan har stått på USA:s sanktionslista över statsunderstödd terrorism, tillsammans med Nordkorea, Iran och Syrien.
"Till sist, rättvisa för det amerikanska folket och ett stort steg för Sudan!" skrev Trump på Twitter. Han skrev att Sudan gått med på att betala 335 miljoner dollar, motsvarande närmare 3 miljarder kronor, till drabbade.
– När pengarna finns på kontot, så tar jag bort Sudan från terrorlistan, sade Trump.