"Just nu gick en domare omgiven av personer ur nationalgarden in i El Nacional-byggnaden för att beslagta allt", skriver tidningens vd Miguel Henrique Otero på Twitter.
I april beordrade Venezuelas högsta domstol tidningen att betala motsvarande 109 miljoner kronor för att ha orsakat "allvarlig publicitetsskada" för Diosdado Cabello, som ofta beskrivs som president Nicolás Maduros andreman.
"Processen med att betala ersättningen har börjat", skriver Cabello på Twitter.
År 2015 tog Cabello tidningen inför rätta då de återgivit rapportering av den spanska tidningen ABC som anklagade honom för kopplingar till narkotikahandel.
El Nacional har bett högsta domstolen att förklara hur man kommit fram till den astronomiska skadeståndssumman, med tanke på att ett tidigare beslut från 2018 beordrade tidningen att betala motsvarande drygt fem tusen kronor.
Tidningen grundades 1943 av den venezuelanska författaren Miguel Otero Silva, men upphörde med sin tryckta version 2018 på grund av brist på kapital och papper, som staten kontrollerar tillgång och distribution av.
I 20 år har tidningen opponerat sig chavismen och presidenterna Hugo Chavez och Maduro, den sistnämnde anklagar tidningen för att ha konspirerat med oppositionen för att störta honom.
Enligt en organisation för pressfrihet, Espacio Público, har mer än 100 medieorganisationer tvingats lägga ned sedan Maduro kom till makten.