Beslutet berör över 120 skolor i kommunerna Albufeira, Loulé, Olhão, São Brás de Alportel och Faro, rapporterar dagstidningen Diário de Notícias.
Detta sedan det samlade incidenstalet, som mäter antalet nya fall per 100 000 invånare de senaste 14 dagarna, för kommunerna nått över 300. Situationen är värst i Albufeira som noterar 583 fall per 100 000 invånare.
Smittspridningen förklaras bland annat med att den populära regionen, känd för sina stränder och golfbanor, återigen öppnades för turister i maj.
Dessutom har en rad sportevenemang hållits runt om i Portugal de senaste månaderna. Bland annat släpptes tusentals brittiska fotbollsfans in i landet, och tilläts rumla runt på gatorna, då Chelsea mötte Manchester City i Champions League-finalen i Porto den 29 maj.
"Överraskning för alla"
I ett försök att bromsa den nya vågen beslutade Portugal i veckan att föra upp Storbritannien på listan över länder varifrån resenärer som inte kan bevisa att de är fullvaccinerade måste sätta sig i två veckors karantän vid ankomst. Beslutet lär innebära ett kännbart slag för turistsektorn, som är en viktig del av Portugals ekonomi. Branschen har redan drabbats av motsvarande beslut i London och Berlin om restriktioner för resenärer från Portugal.
Reglerna har lett till att tusentals turister bokat om sina tilltänkta resor till Portugal, skriver den spanska nyhetsbyrån Efe.
De hastiga skolstängningarna i Algarve väcker också lokal kritik om de planeringssvårigheter som nu uppstår för elever, föräldrar och lärare som tagits på sängen av beslutet.
– Detta kom som en överraskning för alla. Skolstängningar har beskrivits som en av de sista åtgärderna som ska vidtas, säger Ana Silva, i ledningsgruppen för skolan Oficina Divertida i Faro, till Diário de Notícias.
Snabb ökning
Den smittsamma deltavarianten av coronaviruset har den senaste tiden tagit över smittspridningen i allt fler länder, inte minst i Storbritannien där den utgör omkring 90 procent av alla nya fall. Den dominerar nu även i den portugisiska huvudstadsregionen, där den uppskattas utgöra 70 procent av fallen – och sprids allt snabbare ut över landet. Hälften av alla nya fall på det portugisiska fastlandet uppges utgöras av varianten.
För landet som helhet ökade incidenstalet i förra veckan med hela 42 procent jämfört med veckan före, enligt EU:s smittskyddsenhet ECDC. Det innebar att Portugal och Cypern var de enda länder i EU som noterade en ökning då ECDC:s senaste statistik släpptes i torsdags.
Under måndagen registrerades 902 nya fall av covid-19 och två dödsfall. Totalt har 875 449 testat positivt i Portugal sedan pandemin bröt ut och 17 086 människor dött.