Polisen larmades strax före klockan före klockan elva på förmiddagen och framme vid centret möttes de av en man "beväpnad med en stor kniv", enligt ett uttalande från myndigheten.
Angriparen uppmanades att lägga ifrån sig vapnet men närmade sig i stället poliserna med kniven i handen. Poliserna svarade då med att skjuta mot mannen, som skadades.
Premiärminister Antonio Costa sade i en kommentar till händelsen att det nu är "för tidigt att dra några slutsatser av brottet".
Men Costa konstaterade samtidigt att "allting pekar på att det rör sig om en isolerad händelse".
Myndigheterna utreder ändå attacken som en "potentiell terrorattack", rapporterar AP.
De två kvinnorna som dödades arbetade på centret. Ytterligare en person skadades i attacken.
Gärningsmannen – som uppges vara afghansk flykting – vårdas på sjukhus.