De svarta lådorna innehåller inspelningar från cockpit och även flygdata. Förhoppningen är att informationen ska göra det möjligt att förstå vad som hände planet som kraschade under lördagen.
Kvarlevor efter passagerare, vrakdelar och klädesplagg har hittats i vattnet utanför huvudstaden Jakarta, meddelar myndigheterna.
Helikoptrar och örlogsfartyg fortsätter leta, men hoppet är litet att hitta överlevande.
Avvek från kursen
Boeing-planet från indonesiska Sriwijaya Air störtdök fyra minuter efter start från Jakarta i lördags. Myndigheterna tror att planet har kraschat i närheten av ön Laki.
Enligt flygspårningssajten Flightradar24 hade planet nått en höjd på över 3 300 meter innan det plötsligt snabbt tappade höjd och även kontakten med flygledningen.
Planet verkade avvika från sin avsedda kurs kort före den försvann från radarn, enligt transportministern.
Planet har kapacitet för ungefär 130 personer, men enligt räddningsverkets uppgifter fanns 62 människor ombord, varav tolv tillhörde besättningen.
Tio barn
Samtliga ombord var indoneser, enligt myndigheterna. Tio av dem barn. På flygplatsen i Pontianak, dit planet var på väg, har anhöriga samlats för att vänta på nyheter.
President Joko Widodo uppmanar medborgarna att "be tillsammans så att offren kan hittas".
Flygbolaget har meddelat att man utreder den tappade kontakten med planet.
"Våra tankar är med besättningen, passagerarna och deras familjer, skriver flygplanstillverkaren Boeing i ett uttalande, och uppger att företaget varit i kontakt med flygbolaget.
Flygsäkerheten i Indonesien har länge haft dåligt rykte, och under många år var landets flygbolag inte välkomna i EU och USA.