44-årige John Williams Ntwali, som var redaktör för tidningen The Chronicles och drev Youtube-kanalen Pax TV, satt på passagerarsadeln på en motorcykel då den blev rammad i hög hastighet av en bil.
Situationen för medier i Rwanda är mycket svår, och journalister kritiska mot president Paul Kagame och hans styrande parti har fängslats, försvunnit eller hittats döda genom åren. Även Ntwali har gripits flera gånger.
Människorättsgruppen Human Rights Watch (HRW) kräver att fallet utreds skyndsamt.