Kontakten bröts cirka 25 minuter före den planerade landningen.
– Vi måste anta att vi inte kunde slutföra landningen på månens yta, säger Takeshi Hakamada, grundare av och vd på företaget Ispace.
Under natten mot onsdagen kom ett officiellt uttalande från företaget:
"Det har fastställts att det är stor sannolikhet att landaren så småningom gjorde en hård landning på månens yta."
Om landningen hade lyckats hade Hakuto-R M1 blivit världens första privatägda månlandare. Den lyfte från Florida i december.
Endast tre stater har lyckats med en månlandning: Ryssland, USA och Kina.
Flera tidigare försök att landa på månen har misslyckats med själva landningen. Bland de senare finns israeliska Space IL, som gjorde en liknande satsning 2019 då sonden Beresheet skickades upp med en SpaceX-raket – men totalförstördes vid landningen.