"Det är ett helt oberättigat och djupt problematiskt beslut, som understryker att Ryssland inte längre vill ha en riktig dialog och diplomati", säger utrikesminister Jeppe Kofod i en skriftlig kommentar.
Ambassadören är inte en av de utvisade.
Danmark utvisade i april femton ryssar som enligt landet var underrättelseagenter. Ryssland hävdar däremot att de var diplomater.
Enligt utrikesministern vill Danmark värna diplomatin.
"Det är just därför vi inte har utvisat ryska diplomater från Danmark, utan enbart riktat in sig på ryska underrättelseagenter", skriver han.