Att utredningen skulle läggas ned har sagts vara en väsentlig del av den överenskommelse som ledde till att Prigozjin avbröt Wagnerstyrkornas avancemang mot Moskva i lördags.
Men utredningen pågick ännu på måndagsmorgonen, vilket dagstidningen Kommersant rapporterar. Rysslands statligt styrda nyhetsbyråer meddelade kort därpå att de hade fått detta bekräftat av högt uppsatta källor.
Prigozjin misstänks ha försökt organisera ett väpnat uppror, vilket kan leda till som mest 20 års fängelsestraff. Men även om just den utredningen läggs ned så finns det minst tio andra brott som han skulle kunna bli misstänkt för, poängterar nyhetstjänsten Mozjem Objasnit : alltifrån mord på de ryska soldater som dödats till det faktum att det på pappret är olagligt att ha en privatarmé i Ryssland.
I Rysslands propagandamedier höjer flera framträdande kommentatorer sina röster för att Prigozjin behöver straffas ordentligt – inte minst med hänvisning till det tiotal ryska soldater som dödades under Wagner-styrkornas framfart.
Sågs senast i lördags
FSB började formellt att utreda Jevgenij Prigozjin när han hade utlyst sin "marsch för rättvisa" sent i fredags kväll.
På lördagsmorgonen gick Wagnergruppens soldater in i den ryska staden Rostov-vid-Don, varpå de ryckte fram längs med motorvägen M4 mot Moskva under lördagen.
Vid klockan 19 på lördagen meddelades från alla sidor att en överenskommelse hade nåtts. Den skulle bland annat innebära att brottsutredningen skulle läggas ned, att Prigozjin skulle få straffrihet för sitt agerande samt att han skulle få möjlighet att ta sig till Belarus.
Som det är nu har Jevgenij Prigozjin inte synts till sedan han skjutsades ut ur Rostov-vid-Don i en bil sent på lördagskvällen, medan hans styrkor höll på att lämna staden. Då applåderades han av mindre folksamlingar på vägen och lät sig fotograferas genom bilrutan.
Arbetar på "som vanligt"
Prigozjins Telegram-konto, som vanligtvis uppdateras flera gånger om dagen, har varit helt tyst sedan i lördags. Några stora och Wagner-anknutna kanaler har lagt upp en bild på Prigozjin där han håller ett finger för munnen, med det ungefärliga budskapet att "planering mår bäst av tystnad".
Wagner-ledarens egen presstjänst ville eller kunde på söndagen inte ge något svar på var han befann sig, men sade att han kommer att besvara frågor när han har tillgång till sina ordinarie kommunikationslinjer.
Den belarusiske diktatorn Aleksandr Lukasjenkos presstab sade sig inte heller veta var Prigozjin var när S:t Petersburg-tidningen Fontanka frågade på måndagen.
I privatarméns huvudkontor, i ett höghus med glasfasad i S:t Petersburg, sades verksamheten fortsätta som vanligt.
Sjojgu i tv-klipp
Rysslands försvarsminister – en uttalad måltavla i Jevgenij Prigozjins "marsch" mot Moskva – har synts till för första gången efter helgens kaotiska händelseförlopp.
I klipp som spelas i statlig rysk tv och i försvarsdepartementets egna kanaler sägs Sjojgu inspektera de ryska krigsstyrkorna. Olika ryska uppgifter gör dock gällande att klippet spelades in före upproret.
Wagner-gruppen och arméledningen har legat i ordfejd med varandra under krigets gång. När Wagner-soldaterna har gått i täten i strid har Prigozjin fått en framträdande roll, där han då också har anklagat militärledningen för att vara inkompetent och försöka sätta krokben för honom. Konflikten trappades snabbt upp i helgen när Prigozjin anklagade armén för att medvetet ha anfallit Wagner-soldater.
Detta bråk har länge varit ett problem för Vladimir Putin. Den ryske presidenten framträdde på måndagen offentligt för första gången efter helgens händelser. Då var det via länk på en liten konferens för unga ingenjörer och det väpnade upproret kom inte på tal över huvud taget.