Många av dem som protesterade hade hörsammat den fängslade oppositionsledaren Aleksej Navalnyjs uppmaning att gå ut och demonstrera mot president Vladimir Putins aggressionskrig mot Ukraina.
Polisens i Putins hemstad S:t Petersburg använde våld när man skingrade demonstranterna och grep runt 100 personer, enligt en journalist från nyhetsbyrån AFP på plats under oroligheterna.
I Moskva stängdes Röda torget av och människor varnades via högtalare att trotsa förbudet att samlas i större grupper.
Onsdagens demonstrationer började efter att Navalnyj uppmanat till dagliga protester – för att Ryssland inte skulle vara "en nation av rädda fegisar".
I uppmaningen – som Navalnyj via sin talesperson lade ut på Twitter – kallar han också Putin för den "galne lille tsaren".
Aleksej Navalnyj greps av de ryska myndigheterna i januari 2021 då han, efter att ha vårdats på sjukhus efter en giftattack, återvänt till Ryssland.
Han dömdes därefter till fängelse i vad som allmänt betraktas som en politiskt regisserad process och avtjänar för närvarande ett två och ett halvt år långt fängelsestraff.