Orsaken uppges vara ökad press från myndigheter – som nyligen blockerat åtkomsten till dess sajter – och rädsla för att anställda kan komma att åtalas.
"Landet faller snabbt in i någon sorts ofattbart feodalt mörker", skriver Veronika Kutsyllo, tidigare chefredaktör på ett av medieföretagen, på Facebook.
Enligt oppositionen har myndigheterna skalat upp skrämselkampanjerna gentemot oberoende medier och oliktänkande inför landets parlamentsval 17-19 september – anklagelser som Kreml nekar till.
Kommunikationsmyndigheten Roskomnadzor uppger att man begränsat åtkomsten till de tre sajterna på uppmaning av åklagare. Bägge medieföretagen startades 2017 av den tidigare oljemagnaten och Kremlkritikern Michail Chodorkovskij, som sedan han benådades från sitt fängelsestraff för bland annat pengatvätt 2013 lever i exil i Berlin.
I juli blockerade myndigheter åtkomsten till 49 sajter med koppling till oppositionspolitikern Aleksej Navalnyj.