Det säger den andre misstänkte mannen i fallet, Andrej Lugovoj – numera politiker i ryska duman.
"Min nära och trogna vän Dmitrij Kovtun har plötsligt gått bort efter en allvarlig sjukdom kopplad till en coronavirusinfektion", säger Lugovoj.
Kovtun och Lugovoj var tidigare KGB-agenter och misstänks ha förgiftat Litvinenko på en hotellrestaurang i London, genom att spetsa hans te med det radioaktiva ämnet polonium-210. Han dog tre veckor senare.
Europadomstolen slog i fjol fast att Kovtun och Lugovoj "bortom allt rimligt tvivel" utfört dådet och att "Ryssland var ansvarigt".
Dåvarande brittiska premiärministern David Cameron sade 2016 att mordet var en "statligt sanktionerad handling" av Ryssland.
Moskva har, precis som de misstänkta själva, konsekvent nekat till dådet.