"Att ta bort Navalnyj-appen är ett skamligt uttryck för politisk censur", skriver oppositionsledarens medarbetare Ivan Zjdanov på Twitter.
Kreml välkomnar beskedet, som man anser är i enlighet med den ryska lagen.
"Appen har förbjudits i vårt land", säger talespersonen Dmitrij Peskov.
Det ryska valet är inte ett demokratiskt val i västerländsk mening, då fria medier motarbetas av staten och valrörelsen präglats av hårda och systematiska angrepp på Putinkritiska krafter, som i flera fall har extremiststämplats och förbjudits.