Detta efter att Ryssland i juli valde att inte förnya det avtal som gjort det möjligt att exportera ukrainska och ryska spannmål över Svarta havet.
Erdogan uppmanade i samma samtal Putin att "undvika ökade spänningar", efter att ryska drönare attackerade spannmålslager i ett hamnområde i södra Ukraina tidigt på onsdagsmorgonen.
Erdogan var en nyckelspelare i det numera havererade spannmålsavtalet och har en ambition att agera medlare mellan Ryssland och Ukraina.
Den turkiske presidenten sa till Putin att slopandet av spannmålsavtalet "inte gynnar någon" och att de mest behövande länderna i världen kommer att lida mest, enligt Ankara. Erdogan lovade att Turkiet ska försöka återupprätta avtalet genom "intensivt arbete" och diplomati.