Putin och Prigozjin träffades den 29 juni, säger den ryske presidentens presstalesperson Dmitrij Peskov enligt statliga ryska medier. Det var fem dagar efter Wagnergruppens väpnade uppror, som nådde bara ett par tiotal mil från Moskva.
Mötet sägs ha pågått i tre timmars tid, med totalt 35 deltagare i form av olika Wagnerchefer.
Vladimir Putin ska ha lyft både Wagnergruppens insatser i Ukraina och "händelserna den 24 juni", enligt Peskov.
"Gav sin version"
– Befälen själva gav sin version av vad som hände. De underströk att de är statsöverhuvudets och överbefälhavarens (Putins) trogna anhängare och soldater, och sade sig också vara redo att fortsätta strida för sitt hemland, säger Dmitrij Peskov.
Den 24 juni, när Wagnersoldaterna marscherade genom Ryssland utan att möta något större motstånd, gick president Putin ut i tv och sade att "vårt folks öde avgörs". Han stämplade Jevgenij Prigozjin som en landsförrädare, upproret som en "kniv i ryggen" på honom själv och alla ryssar och svor att bestraffa det på ett brutalt vis.
Minst 13 ryska soldater dödades under dagen, när Wagner-kolonnen anfölls av attackhelikoptrar och svarade med att skjuta ned flera stycken.
Enligt en överenskommelse som till sist nåddes på kvällen – och som avslutade "marschen" mot Moskva – skulle Jevgenij Prigozjin och Wagnersoldaterna få straffrihet och fri lejd till grannlandet Belarus.
Många flygresor
Under tiden som har gått sedan dess har Prigozjins privatplan flugit fram och tillbaka mellan Minsk, S:t Petersburg, Moskva och Rostov-vid-Don. Han själv har inte synts till eller gett någon större redogörelse för vad som händer eller är på väg att hända.
Vid sidan av det har ryska specialstyrkor slagit till mot hans olika verksamheter och Putin, som under många år har varit Prigozjins välgörare, har lovat att se över dennes pengaflöden.
Wagnersoldater har erbjudits att ta värvning i den reguljära armén. I Belarus har det också förberetts baser för att ta emot tusentals av dem.
Det framgår inte om någon företrädare för försvarsdepartementet, till exempel den av Prigozjin utpekade försvarsministern Sergej Sjojgu eller generalstabschefen Valerij Gerasimov, deltog i mötet den 29 juni.