Drönarattacken i gryningen orsakade smärre skador på flera byggnader, men ingen person ska ha dödats.
Ingen har tagit på sig ansvaret för attacken, men den ryska ledningen hyser inga tvivel om vem som låg bakom.
– Vi har pratat om hur vi slog till mot ukrainska underrättelsehögkvarter. Som svar har regimen i Kiev valt en annan väg, att skrämma Ryssland, skrämma ryska medborgare genom att slå till mot bostadshus, säger Vladimir Putin till ryska medier.
Någon fara för ryska liv var det aldrig talan om, enligt Putin.
– Moskvas luftförsvar fungerade normalt, helt tillfredsställande, även om vi har lite att slipa på.
Han meddelade därefter att huvudstadens luftförsvar ska förstärkas ytterligare.
"I realtid"
Det ryska utrikesdepartementet skiver i en egen kommuniké att den egentliga att skulden ligger hos västländerna:
"Västs stöd till regimen i Kiev driver det ukrainska ledarskapet till allt mer vårdslösa handlingar, inklusive terrorism. Löften från Nato att regimen i Kiev inte kommer att slå till djupt inne i ryskt territorium har visat sig vara rent hyckleri."
Enligt departementet utfördes attacken med åtta drönare, varav fem sköts ned. De övriga tre "oskadliggjordes" men orsakade skador när de föll ned på bostadshus i olika förorter.
Moskvas borgmästare Sergej Sobjanin uppger att två personer tvingades uppsöka sjukvård med lättare skador. Boende i två byggnader evakuerades och bjöds på te och en filmvisning. De ryska uppgifterna har inte bekräftats av oberoende källor.
Ukraina nekar
Ukraina nekar till anklagelserna om att landet skulle ligga bakom attacken mot Moskva, rapporterar BBC.
– Vi har inget med det här att göra, säger den ukrainske presidentens rådgivare Mychajlo Podoljak i ukrainsk tv.
Han lägger till att Kiev "ser på med glädje och förutspår ett ökande antal attacker" och skämtar i tv-programmet också om att de ryska drönarna som använts mot Ukraina kanske bestämt sig för att "komma tillbaka".
I en första kommentar från USA uppger utrikesdepartementet att man fortsatt undersöker händelserna men att man inte stödjer attacker inne i Ryssland. Man påpekar samtidigt att Ryssland har attackerat Kiev 17 gånger bar under maj, varav många har förstört civila mål.