Omkring 19 personer fördes till sjukhus sedan en bomb sprängts på kaféet, enligt S:t Petersburgs guvernör Aleksandr Beglov.
Ryska medier uppger att en rysk patriotisk grupp kallad Cyber Z höll ett möte på kaféet och att en kvinna överlämnade en statyett som innehöll sprängämnen till bloggaren.
Stor anhängare till Putin
Den ryska utredningsmyndigheten bekräftade att "en omärkt bomb exploderat" och namngav bloggaren som kontinuerligt kommenterat de ryska militära angreppen i Ukraina. Han skrev på nätet under namnet Vladlen Tatarskij men hette egentligen Maxim Fomin, uppger brittiska BBC.
Fomin har varit en ivrig anhängare till president Vladimir Putin och hans invasionskrig i Ukraina. Bloggaren uppges ha haft omkring 560 000 följare på den sociala plattformen Telegram.
Inrikesdepartementet säger att samtliga som befunnit sig på kaféet granskas, men har inte pekat ut någon ansvarig för dådet.
"Spindlar äter varandra"
Den ukrainske presidentens rådgivare Mychajlo Podoljak spekulerade timmar efter dådet att rysk opposition låg bakom attacken.
"Spindlar äter varandra i en burk. Det var bara en fråga om tid innan inhemsk terrorism skulle bli ett verktyg i (Rysslands) interna politiska kamp", skrev Podoljak på engelska i ett inlägg på Twitter.
The Moscow Times uppger att kaféet kan ha ägts av Wagnergruppens ledare Jevgenij Prigozjin och att där regelbundet hålls offentliga diskussioner om militära ämnen.