Uljukajev anklagades för att ha avkrävt oljejätten Rosneft på motsvarande omkring 18 miljoner kronor, i utbyte mot att han gett bolaget grönt ljus att förvärva 50,07 procent av oljeproducenten Basjneft från staten.
Exministern, som har förnekat anklagelserna, är den högst uppsatta politikern i tjänst som har åtalats under den ryske presidenten Vladimir Putins styre.
Uljukajev var från 2013 chef för departementet för ekonomisk utveckling. Han hade bland annat till uppgift att försöka föra Ryssland ur landets djupa ekonomiska kris, som utlöstes 2014 till följd av fallande oljepriser och sanktioner från väst.