Högsta domstolen har godkänt en begäran från Rysslands censurmyndighet Roskomnadzor.
"Förslaget bifalles, och mediehusets verksamhet är avslutad", skriver domaren Vyatjeslav Kirillov enligt ryska nyhetsbyråer.
Enligt tidningen har ryska myndigheter jagat företaget på grund av dess frispråkiga rapportering kring kriget i Ukraina. Även pappersupplagan har stoppats, men för några månader sedan satte utgivarna upp en exilredaktion i Lettland.
Novaja Gazetas chefredaktör Dmitrij Muratov belönades med Nobels fredspris i fjol.