Polis genomförde räder mot Memorial-anknutna personers bostäder och kontor på tisdagen. Flera personer frihetsberövades för att förhöras.
Tillslagen är del av en brottsutredning som Rysslands federala utredningskommitté inledde härom veckan, enligt Memorial själva. Brottet som organisationen anklagas för består i att försöka "återupprätta nazismen", vilket kan ge fleråriga fängelsestraff.
Memorial arbetar för att föra protokoll över den omfattande förföljelse som skedde under Sovjettiden. I den databas av offer som organisationen har upprättat återfinns tre personer som dömdes i sovjetisk domstol för att ha samarbetat med Nazityskland. Detta använder myndigheterna som bevis för sin sak, enligt Memorial.
Oleg Orlov, Memorials ena ordförande, fick sin bostad genomsökt på tisdagen. Han fördömde anklagelserna som "idiotiska" medan maskerade och välutrustade poliser förde iväg honom.
Organisationen har varit föremål för en lång rad åtgärder från myndigheterna. Den har stämplats som en "utländsk agentorganisation" och Rysslands högsta domstol beordrade i december 2021 att den skulle stängas helt.
I höstas tilldelades Memorial Nobels fredspris, som delades med den belarusiske människorättsaktivisten Ales Bjaljatski och organisationen Center for Civil Liberties som dokumenterar krigsbrott i Ukraina.